Süle, 2017 yılında Hoffenheim’dan Bayern Münih’e transfer oldu ve bu dönem tüm kulvarlarda 25 maçta forma giyerken 1 asist katkısı yaptı. Başarılı defans oyuncusu, Bavyera’da geçirdiği müddet boyunca dört Bundesliga şampiyonluğu, iki DFB Pokal ve bir UEFA Şampiyonlar Ligi şampiyonu yaşadı.
Dış basınında yer alan habere nazaran Bayern Münih’in teklifini kabul etmeyerek dönem sonunda tartışmasız dünyanın en rekabetçi ligi olan Premier Lige gideceği tez edildi.